El primer entrenador que tuvo Motagua fue el hondureño Daniel Bustillo -uno de sus fundadores-, quien dirigió el primer partido del club en su historia, chandal fc barcelona así como otros partidos amistosos disputados entre 1928 y 1929 -incluido el primer enfrentamiento contra Olimpia de la historia-. Mizzin fue destituido en 1938 y, en su reemplazo, el también húngaro, Jacobo Kosovich, quedó designado como entrenador del club. Tanto en el amateurismo como en el profesionalismo, una gran cantidad de entrenadores han pasado por la institución.
