Además en la Copa se logró por fin llegar lejos y se disputaron las semifinales contra el Barcelona, y la afición se ilusionó cuando a falta de diez minutos para terminar el partido de vuelta el equipo estaba clasificado para la final, pero el holandés Koeman anotó un gol de falta directa y decantaba la eliminatoria para los culés. En toda la segunda vuelta sólo se perdieron 2 partidos, lo que llevó al equipo al 2.º puesto logrando así el subcampeonato tras un Real Madrid intratable.
